Daerah Swapraja Kutai diubah menjadi Daerah Istimewa Kutai yang merupakan daerah otonom/daerah istimewa tingkat kabupaten berdasarkan UU Darurat No.3 Th.1953.

Berdasarkan UU No.27 Tahun 1959, status Daerah Istimewa Kutai dihapus dan daerah ini dibagi menjadi 3 Daerah Tingkat II, yakni:

1. Kotamadya Balikpapan dengan ibukota Balikpapan
2. Kotamadya Samarinda dengan ibukota Samarinda
3. Kabupaten Kutai dengan ibukota Tenggarong

Pada tahun 1995 Kabupaten Kutai menjadi salah satu Daerah Percontohan Pelaksanaan Otonomi Daerah, berdasarkan PP No.8 Tahun 1995 tentang Penyerahan Sebagian Urusan Pemerintahan Kepada Daerah Tingkat II Percontohan.

Pada tahun 1999, wilayah Kabupaten Kutai dimekarkan menjadi 4 daerah otonom berdasarkan UU No.47 Th.1999, yakni:

1. Kabupaten Kutai dengan ibukota Tenggarong
2. Kabupaten Kutai Barat dengan ibukota Sendawar
3. Kabupaten Kutai Timur dengan ibukota Sangatta
4. Kota Bontang dengan ibukota Bontang

Istilah Kabupaten Kutai Induk sering digunakan untuk membedakan antara Kabupaten Kutai hasil pemekaran dengan Kabupaten Kutai yang lama. Pada Musyawarah Nasional yang pertama APKASI (Asosiasi Pemerintah Kabupaten Seluruh Indonesia) yang diadakan di Tenggarong pada tahun 2000, Presiden RI Abdurrahman Wahid yang membuka Munas tersebut mengusulkan agar Kabupaten Kutai hasil pemekaran menggunakan nama Kabupaten Kutai Kartanegara, mengingat kota Tenggarong juga merupakan ibukota dari Kesultanan Kutai Kartanegara.

Tanggal 23 Maret 2002, Presiden Republik Indonesia Megawati Soekarnoputri menetapkan penggunaan nama Kabupaten Kutai Kartanegara melalui Peraturan Pemerintah RI No. 8 Tahun 2002 tentang "Perubahan Nama Kabupaten Kutai Menjadi Kabupaten Kutai Kartanegara".